Né à Debica, en Pologne en 1933, Krzysztof Penderecki commence très jeune à étudier le violon et le piano. À 18 ans, il entreprend des études de composition avec Franciszek Skolyszewski au conservatoire de Cracovie, tout en étudiant la philosophie, l’histoire et l’histoire de la littérature à l’université locale. En 1954, il suit l'enseignement d'Artur Malawski à l'école supérieure de musique de Cracovie, puis de Stanislas Wiechowicz, après la mort de Malawski en 1957.

Penderecki a été salué comme l'un des plus grands compositeurs contemporains dès la création de Strophen en 1959 au festival « L'Automne de Varsovie ». Les pièces qui suivent alors lui permettent d'acquérir une notoriété internationale : Dimensions du temps et du silence (1959-1960), et Fluorescences (1961-1962), le Quatuor à cordes n° 1 (1960).

Proposant une musique riche d'effets sonores, d'une écriture efficace, faite de gestes puissants utilisant l'ultrachromatisme, les clusters, les glissandi, le hasard, faisant sonner les instruments de manière inhabituelle, notamment les cordes, l'œuvre de Penderecki jusqu'à la fin des années 1970, sera comparée par son radicalisme et ses timbres inouïs à celle de Xenakis et de Ligeti — Emanations (1959), Anaklasis (1960), Thrènes pour les victimes d'Hiroshima (1960), Dies Irae à la mémoire des victimes d'Auschwitz (1967), Polymorphia  (1961), De natura sonoris...(1966). Mais contrairement à ces deux compositeurs, une part essentielle de l'inspiration de Penderecki est d'essence religieuse et catholique (Stabat Mater (1962) — qui deviendra une partie de la Passion selon Saint-Luc (1966) —, Utrenja (1969)...).

Par la suite, sans que sa renommée ne faiblisse, Penderecki abandonnera peu à peu tous les éléments avant-gardistes de son langage, dans une évolution très critiquée par le milieu musical mais qui lui assure une large reconnaissance publique. Il renoue ainsi avec l'esthétique néo-tonale, postromantique, et souvent brahmsienne — Requiem (2005) —, proche, l'expression de la foi en plus, de la Nouvelle Simplicité allemande.

Alors qu’il enseigne au conservatoire d’Essen de 1966 à 1968, Penderecki travaille à son premier opéra Les Diables de Loudun, l'un des sommets de sa première période, créé en 1969 à l’opéra de Hambourg et repris avec succès dans de nombreux pays. Trois autres opéras y succcèdent : Paradise Lost, d’après une pièce de John Milton, créé en 1978 à Chicago, Le masque noir, d’après une pièce de Gerhart Hauptmann, créé en 1986 au festival de Salzburg et Ubu Roi d’après Alfred Jarry, créé à Munich en 1991.

Des prix couronnent aussi ses nombreux concertos, ainsi que sa musique de chambre et vocale. Penderecki est aussi titulaire de doctorats d’honneur et de chaires professorales d'universités du monde entier.

• 1959 : Premier prix de la deuxième compétition des jeunes compositeurs polonais pour Strophes, Emanations et Psaumes de David
• 1961 : Prix de l’UNESCO pour Thrènes
• 1968 : Prix Italia pour Dies Irae en mémoire des victimes d’Auschwitz
• 1966 : Grand prix du Landes Nordrhein-Westfalen pour la Passion selon Saint-Luc
• 1967 : Prix Italia pour la Passion selon Saint-Luc
• 1967 : Médaille d’Or Sibelius
• 1970 : Prix de l’union des compositeurs polonais
• 1977 : Prix Arthur Honegger pour Magnificat
• 1983 : Prix Sibelius de la fondation Wihouri de Pologne
• 1985 : Prix Lorenzo Magnifico
• 1990 : Titulaire de la Grande Croix de l’Ordre du Mérite de la République Fédérale d’Allemagne et Chevalier Saint Georges
• 1992 : Grawemeyer Award for Music Composition de l’université de Louisville pour Adagio, Sinfonie n° 4 ; Médaille autrichienne de la Science et des Arts
• 1993 : "Distinguished Citizen Fellowship" de l’Indiana University Bloomington ; prix de l’UNESCO ; Ordre du Mérite Culturel de la Principauté de Monaco
• 1995 : Membre de la Royal Academy of Music de Dublin ; citoyen d’honneur de la ville de Strasbourg
• 1995 et 1996 : "Primetime Emmy Award" de l’Academy of Television Arts & Sciences
• 1998 : Prix de composition de la Promotion Association of the European Industry and Trade ; "Foreign Honorary Membership" de l’académie américaine des Arts et des Lettres ; membre correspondant de la Bayerischen Akademie der Schönen Künste, Munich
• 1999 : Prix de la ville de Duisburg ; membre honoraire du festival de Vilnius 1999
• 2000 : Prix de Cannes « compositeur de l’année » ; membre honoraire de la Gesellschaft der Musikfreunde de Vienne
• 2001 : Prince of Asturias Award for the Arts ; Membre honoraire de la Hong Kong Academy for Performing Arts
• 2002 : Prix Romano Guardini de l’académie catholique de Bavière
• 2003 : citoyen d’honneur de la ville de Debica ; médaille Eduardo M. du Conservatorio de Música del Principado Asturias ; directeur honoraire du chœur de la fondation du Prince d’Asturias ; président honoraire de la fondation culturelle "Apoyo a la Creación Musical"
• 2004 : Praemium Imperiale
• 2006 : "Three Star Order", Riga, Lettonie et "Order of the White Eagle", Pologne
• 2008 : Professeur honoraire du Conservatoire Komitas d'Erevan, Arménie
• 2008 : Médaille d'or du Ministère de la Culture d'Arménie
• 2008 : Aigle du meilleur film pour la musique de Katyń, Pologne
• 2009 : Médaille d'honneur de la République d'Arménie pour avoir servi les relations arméno-polonaises et pour les spectacles musicaux
• 2011 : Super Wiktor Award de la télévision polonaise
• 2012 : Lifetime Achievement Award de l'International Classical Music Awards
• 2012 : Prix de l'université européenne Viadrina de Francfort-sur l'Oder, Allemagne
• 2012 : Glocal Hero Award du Transatlantyk Festival Poznan (musique et film) pour Elzbieta und Krzysztof Penderecki, Pologne
• 2013 : Prix "Paszport Polityk" du magazine Polityka, Pologne
• 2013 : Citoyen d'Honneur de la ville de Cracovie, Pologne
• 2014 : Médaille d'or de la ville d'Erevan, Arménie
• 2014 : Membre honoraire de l'union des compositeurs d'Arménie
• 2014 : Diamond Laurel of Abilities and Competence de la ville de Zabrze, Pologne
• 2014 : Membre honoraire du Musikverein de Graz, Autriche
• 2014 : Ordre de la Croix de la Terre Marianne, première classe, Estonie
• 2015 : Président honoraire de l'Union des compositeurs polonais
• 2015 : Médaille Per Artem at Deum du Conseil pontifical de la Culture
• 2017 : Prix Erazm et Anna Jerzmanowski de l'Académie polonaise des Arts et des Sciences
• 2018 : Grande croix de l'Ordre du Mérite avec l'Étoile de l'Ordre du Mérite de la République fédérale allemande